Bert Haanstra groeide op in Twente en begon zijn carrière als persfotograaf in 1934. In de Tweede Wereldoorlog werkte hij als fotograaf bij het Gemeentelijk Energie Bedrijf en deed hij illegale klussen voor het verzet. Het filmvak leerde hij in de praktijk, hij was gefascineerd door film en maakte in 1948 zijn eerste film: De Muiderkring herleeft. Deze film ging over de literaire kring rondom P.C. Hooft in het Muiderslot. Haanstra raakte bevriend met Piet van Moock, directeur van het Cultura Theater en de Uitkijk in Amsterdam. De Moock richtte een fonds op, Forum Film, waarmee hij jonge cineasten financierde, waaronder ook Bert Haanstra. Hij nam de productie voor zijn rekening van Haanstra's nieuwe film, waarin Nederland bekeken werd via weerspiegelingen in het water. In de montagekamer maakte Haanstra van de beelden een lyrisch filmgedicht. Zo ontstond Spiegel van Holland (1951), die in Cannes werd vertoond en gelijk de Grand Prix kreeg. De naam van Haanstra was gevestigd.

Met het succes van Spiegel van Holland, konden Forum Film en Haanstra nog meer films maken, zoals Pantha Rei en Dijkbouw. Voor het eerst werd ook de term 'Nederlandse documentaire school' geïntroduceerd. Deze was ontleend aan de term 'Hollandse school' in de kunstgeschiedenis, waarmee een grote groep 17e eeuwse schilders werd aangeduid. De 'Nederlandse documentaire school' stond voor het ambachtelijke karakter van film en een groep van getalenteerde individuen, die verder geen stilistische of thematische overeenkomsten hadden. De term Nederlandse documentaire school gold dus als een soort kwaliteitslabel.

Haanstra maakte in de jaren 50 films voor Shell, waaronder The Wildcat (1953). De Shell Film Unit maakte geen simpele promotiefilms maar kwaliteitsdocumentaires. In The Wildcat, ook wel De verkenningsboring geheten, trekt Haanstra naar de jungle van Indonesië om daar een proefboring naar olie te filmen. Voor het ministerie OC&W maakte hij de opdrachtfilm En de zee was niet meer... (1955) over het verdwijnen van de voormalige Zuiderzee. In 1957 maakt hij de film Rembrandt, schilder van de mens met steun van het Ministerie. Deze kunstfilm gaat over de portretten van Rembrandt.

Bert Haanstra werd gezien als de ambassadeur voor de Nederlandse documentaires in het buitenland. In Nederland bleef de positie van de documentaire in de bioscopen nog onzeker, terwijl de films van Haanstra het erg goed deden in het buitenland en veel prijzen wonnen. Zijn films En de zee was niet meer en Deltafase I (1962), een opdrachtfilm van de RVD werden zijn meest vertoonde documentaires in het buitenland.