IIn de jaren 60 maakte Haanstra een aantal candid camera films, waarin de verborgen camera op een serieuze manier werd gebruikt. In de film Zoo (1962) wilde Haanstra wilde het gedrag van dieren met dat van mensen vergelijken. Met een verborgen camera filmde hij samen met de cameraman en assistent het gedrag van de dieren en de bezoekers in de Amsterdamse dierentuin Artis. Het achterliggende idee was dat mensen zich ‘natuurlijker’ gedroegen als ze zich niet bewust waren van de aanwezigheid van een filmcamera. De film Zoo zwengelde een discussie aan onder filmcritici over het filmen van mensen die zich daarvan niet bewust waren en geen toestemming hadden gegeven. Het zou de privacy schenden en door middel van montage zou er een vertekend beeld kunnen worden gegeven..

Geïnspireerd door het maken van Zoo wilde Haanstra een lange documentaire met de verborgen camera maken, om mensen als het ware te ‘betrappen’ in hun dagelijkse leven. Zo ontstond Alleman (1963), een portret van de Nederlandse samenleving, vastgelegd met een verborgen camera. Cameraman Anton van Munster verzon allerlei mogelijke trucs om in het verborgene te kunnen filmen. Simon Carmiggelt schreef het commentaar bij de film en spark het zelf in. De film werd een groot succes en staat nog steeds op nummer acht in de lijst van best bezochte Nederlandse films met ruim 1,5 miljoen bezoekers. De reacties in de pers waren gemend. Er werden vraagtekens gezet bij de ingrepen die Haanstra had gedaan in de montagekamer. Een voorbeeld hiervan is de scène waarin een bronzen buste van Hitler te koop staat op het Waterlooplein. Critici suggereerden dat Haanstra de scène zo had gemonteerd dat het leek alsof het publiek op het beeld reageerden. Maar er kwamen geen processen van ‘gedupeerden’, een aantal van de gefilmde persoenen had zelfs voordeel van de film. Twee serveersters die gefilmd waren in Alleman, begonnen dankzij hun populariteit voor zichzelf en openden een restaurant genaamd ‘Alleman’. Haanstra kreeg een Gouden Beer voor Alleman tijdens de Berlinale van 1964 en werd genomineerd voor een Oscar in de categorie lange documentaire.

Haanstra maakte met De stem van het water (1966) een film over Nederlanders en hun omgang met water. Hierin zit de bekende scene met het bange jongetje dat tijdens de zwemles niet met zijn hoofd onder water durft, en de zwemleraar die met niet al te fijnzinnige methodes het jongetje helpt.

In 1972 maakte Haanstra Bij de beesten af. Hij bracht de overeenkomsten tussen mens en dier in beeld. Uitingen van agressie, territoriumdrift en paargedrag worden scherp in beeld gebracht. Bij de beesten af kreeg een nominatie voor een Oscar in de categorie lange documentaire.

Haanstra was Officier in de Orde van Oranje Nassau. Hij was getrouwd met Angenita Wijtmans. Hij stierf 23 oktober 1997 in Hilversum. Hun kinderen zijn ook actief in de filmwereld: Jurre Haanstra componeert filmmuziek en Rimko Haanstra is filmregisseur.