Op 27 december 1949 droeg Nederland de soevereiniteit van Nederlands-Indië met uitzondering van Nieuw-Guinea over aan de Republik Indonesia Serikat (RIS) oftewel de Verenigde Staten van Indonesië. De Zuid-Molukken maakten toen als daerah deel uit van de deelstaat Oost-Indonesië. Spoedig na de onafhankelijkheid begon Indonesië onder president Soekarno met het opheffen van de federale structuur. Als reactie daarop volgde op 25 april 1950 op Ambon de proclamatie van de RMS die echter, afgezien van het Afrikaanse land Benin, door geen enkel land erkend wordt.

Op 17 augustus 1950 riep president Soekarno de eenheidsstaat uit en na onderhandelingen en een blokkade begon het Indonesische leger op 28 september met de invasie van Ambon. Via het toen nog bij het Koninkrijk der Nederlanden behorende Nieuw-Guinea werd tevergeefs militaire steun gezocht bij Nederland. Ruim een maand na het begin van de invasie viel op 5 november de hoofdstad Ambon in handen van het Indonesische leger. De RMS-regering week begin december uit naar het nabijgelegen eiland Ceram om van daar uit de strijd voort te zetten. Onder leiding van Soumokil, werd op dit eiland de guerrillaoorlog voortgezet.

In 1951 kwamen op dienstbevel bijna 4000, vooral Zuid-Molukse, KNIL-militairen met hun familie (in totaal ongeveer 12500 personen) naar Nederland voor wat bedoeld was als een tijdelijk verblijf. Dit na het krijgen van de status van leden van de Nederlandse Koninklijke Landmacht. In het dienstbevel stond dat overbrenging 'noodzakelijk' was. Na de Tweede Wereldoorlog was in Nederland een grote woningnood en omdat het om tijdelijke vestiging zou gaan werden deze families ondergebracht in woonoorden zoals het voormalige concentratiekamp Westerbork.

Manusama was niet in staat de radicalisering van vooral de jongeren binnen de Zuid-Molukse gemeenschap in Nederland in de hand te houden.

Enkele acties van radicale Molukse jongeren:

1966 - Uit woede over die executie volgde in de nacht na aankomst van de weduwe van Soumokil met hun zoontje Tommy in Nederland op 26 juli 1966 een brandstichting van de Indonesische ambassade in Den Haag. Deze brandstichting vormde het begin van de radicalisering.

1970 - Zuid-Molukse jongeren bezetten op 31 augustus de woning van de Indonesische ambassadeur in Wassenaar.

1975 In het voorjaar van 1975 was er een mislukte poging Juliana te gijzelen. Van 2 december tot 14 december was er een treinkaping bij Wijster en vanaf 4 december was er tevens de bezetting van het Indonesische consulaat in Amsterdam.

1977 - Op 23 mei begon de treinkaping bij De Punt en tegelijkertijd de gijzeling van een lagere school in Bovensmilde. Aan beide acties kwam op 11 juni een einde door een bestorming.

1978 - De laatste gewelddadige actie in Nederland waarbij doden vielen was de gijzeling in het provinciehuis in Assen. Op de eerste dag (13 maart) werd een ambtenaar doodgeschoten. Een dag later volgde de bestorming waarmee de gijzeling beëindigd werd maar waarbij een tweede ambtenaar verwondingen opliep waaraan hij weken later zou overlijden.

In april 1993 droeg de toen 82-jarige Manusama het leiderschap van de RMS over aan de gepensioneerde arts Frans Tutuhatunewa. In 2001 kwam Tutuhatunewa in het nieuws toen bleek dat de RMS financiële steun verleende aan het verzet op de Zuid-Molukken waarbij hij niet wilde uitsluiten dat dat geld ook gebruikt zou kunnen worden voor de aankoop van wapens.