Bakker werd in 1943 lid van de toen nog verboden CPN en ging namens die partij in het verzet. Na de oorlog ging hij bij de communistische krant De Waarheid werken. In 1953 werd Bakker, zoon van een boekhouder van het slachthuis in Zaandam, hoofdredacteur van het communistische dagblad. In 1956 kwam hij in de Tweede Kamer. Hij was een vertrouweling van de Moskou-getrouwe partijleider Paul de Groot, die streng optrad tegen afwijkende stromingen binnen de partij. Bakker was auteur van het "rooie boekje" met de titel "De CPN in de oorlog" (1958), dat leidde tot het royement van bekende partijleden als Gerben Wagenaar, Henk Gortzak, Frits Reuter en Bertus Brandsen die in dit boekje door Bakker als 'spionnen' werden ontmaskerd. 

In 1956 juichte Bakker openlijk het neerslaan toe van demonstraties uit solidariteit met de slachtoffers van de bloedige opstand in het Poolse Poznan, de aanleiding voor de Hongaarse opstand. In De Waarheid schreef hij "hopelijk zal het snel lukken met dit gespuis korte metten te maken". Kritiek op de Sovjet-Unie werd door Marcus Bakker niet geaccepteerd. 

Als fractievoorzitter in de Tweede Kamer was Bakker een geestig en scherpzinnig redenaar. Enkele hoogtepunten uit zijn parlementaire bestaan waren de debatten over de vrijlating van Duitse oorlogsmisdadigers. 

In 1977 maakte Bakker met de CPN voor het laatst furore met de verkiezingsleus "Van Agt eruit de CPN erin" (zie video-fragment). Het lukte niet, de CPN verloor zelfs dramatisch en ging terug van zeven naar slechts twee kamerzetels.

Door een amendement van Marcus Bakker werden de woorden "Op welke grond dan ook" in artikel 1 van de grondrechten van de Nederlandse grondwet opgenomen. In 1982 droeg Bakker het partijleiderschap over aan Ina Brouwer. Hij heeft zich niet ingelaten met de gesprekken die leidden tot het opgaan van de CPN in GroenLinks in 1991. In 1999 zegde hij zijn lidmaatschap van GroenLinks op, toen die partij akkoord ging met de NAVO-bombardementen op Joegoslavië. 

In het huidige Tweede kamergebouw is de Marcus Bakkerzaal naar hem vernoemd.